אחרי שנות השמונים איומות עבור קופולה מה שפשיטת הרגל הביאה לו, שנות ה-90 היו שנים של התאוששות כלכלית עבורו. הבמאי התמסר ליצירת סרטים הרבה פחות מסוכנים, במקרים רבים עמלות, כדי להבטיח איתם רווחים.
לפיכך, תמורת סכום כסף עסיסי ואחוז טוב של רווחים הוא נרשם לירות פרק שלישי של "הסנדק" בשנת 1990. כשאף אחד לא ציפה שהסאגה תימשך, כמעט 20 שנה לאחר מכן הגיע סרט עם פחות אקשן שסגר את מחזור קורליאונה.
הסרט לא זכה לביקורות טובות במיוחד, בעיקר בשל ההשוואה לשני קודמיו, אם כי זה לא פוגם בו. בקרב הציבור היא אכן זכתה לקבלה טובה ו עשה איפור טוב, מה שאפשר לקופולה למלא היטב את כיסיו.
הוא קיבל שבע מועמדויות עבור פרסי האקדמיה בהוליווד של אותה שנה, כולל אלה לסרט הטוב ביותר ולבמאי הטוב ביותר, למרות שהוא לא קיבל אף אחד.
שנתיים לאחר מכן הוא ירה "הדרקולה של בראם סטוקר"כמו עם" אפוקליפסה עכשיו ", זה היה פרויקט שאורסון וולס לא יכול היה לבצע.
פרנסיס פורד קופולה הביא למסך את העיבוד הנאמן ביותר לרומן של בראם סטוקר עד כה, ובכל זאת הוא הרשה לעצמו כמה זכויות יתר, כמו לכלול רומן בין הרוזן למינה, שלא הופיע בספר.
הקלטת הזאת, שהייתה אחת ההצלחות הכלכליות הגדולות ביותר מאת קופולה, היא זכתה בפרס האוסקר לשנת 1992 לאיפור הטוב ביותר, עיצוב התלבושות הטוב ביותר ואפקטי הקול הטובים ביותר, וכן הייתה מועמדת לעיצוב האמנותי הטוב ביותר.
למרות שכבר התאושש כלכלית, ב-1996 חזר לעשות סרט מוזמן. הוא עוסק ב"ג'ק", קומדיה שאין לה שום קשר לסוג הקולנוע שקופולה יצרה עד היום. התוצאה די מאכזבת והדבר היחיד שנשמר הוא הביצועים של אדום החזה וויליאמס על עורו של ילד שמזדקן פיזית מהר מאוד.
שנות ה-90 של קופולה מסתיימות עם "הגנה לגיטימית"ב-1997, דרמה טובה מאוד. עיבוד שיפוטי לרומן טוב מאת ג'ון גרישם המפורסם. סרט שהשאיר את הצוות די אדיש ושהמבקרים לא נתנו לו